1. 　本年１０月１日、菅義偉内閣総理大臣は、日本学術会議の新会員の候補者１０５名のうち、６名を除外して任命した。１９８３年の法改正で日本学術会議側が候補者を推薦する方式がとられて以来、同会議側の推薦した候補者を内閣総理大臣が任命しないのは初めてである。
2. 　日本学術会議は、「わが国の科学者の内外に対する代表機関として、科学の向上発達を図り、行政、産業及び国民生活に科学を反映浸透させることを目的」とし、「科学」に関する職務を行う特別の行政機関である（日本学術会議法２条、同法３条）。
   　　同会議の構成員である科学者が担う学問的研究は、各学問分野独自の真理探求の手
   続・方法（主として厳密な論理とエビデンス）を重んじることで、社会全体の中長期的な利益に貢献する業績を生み出す特殊な精神活動であり、議論と多数決による政治部門からの独立も必要となる。
   　そして、憲法２３条が、研究者個人の思想良心の自由や表現の自由をこえて、「学問の自由」を保障した重要な意義は、「学問」を担う大学等の学術機関や各分野の研究者集団の自律・自治を保障するところにある。同会議が、「独立して」その職務を行うと規定されたのは（同法３条）、「学問の自由」を保障した趣旨に沿うものである。
3. 　同会議の上記目的を達成するためには、その会員人事についても、独立性・自律性が尊重されなければならない。それゆえ、同会議が「優れた研究又は業績がある科学者のうちから会員の候補者を選考し…内閣総理大臣に推薦する」とされ（同法１７条）、内閣総理大臣による任命は同会議の推薦「に基づいて」行われるとされている（同法７条２項）。すなわち、憲法が「学問の自由」を保障した趣旨に照らすと、同会議による会員候補者の推薦は、内閣総理大臣の任命権の行使を強く拘束すると解すべきである。
   　然るに、「総合的・俯瞰的観点」、「多様性」等といった抽象的な理由で６名の候補者の任命を拒否した今回の内閣総理大臣の行為は、自由裁量による任命拒否に等しく、日本学術会議法に違反すると言うべきである。
4. 　なお、同会議が内閣総理大臣が所轄する行政機関であり、かつ、学術会議会員が公務員であることを理由に、内閣総理大臣の広い任命裁量を容認する見解がある。しかし、この見解は、公務員の任命という民主的意思決定にも限界を画し、個人や一定の組織の自律を保障するわが憲法の立場（立憲民主主義）に合致しないと言わざるを得ない。
5. 　以上より、当会は、内閣総理大臣に対し、今回の行為に抗議するとともに、速やかにこれら６名の候補者を会員に任命すべきことを求めるものである。

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